呼伦贝尔市红十字会自1987年11月恢复工作，当时隶属卫生局，为科级单位；1995年5月，机构独立单设，与红十字会血站合署办公，由盟行署办公室管辖；2001年12月，盟红十字会升格为正处级单位，人员参照公务员法管理。2002年3月，改称呼伦贝尔市红十字会，主要职责为贯彻落实党和国家有关红十字会工作方针政策、法律法规，按照《中华人民共和国红十字会法》和《中国红十字会章程》 开展工作；开展备灾救灾相关工作，在自然灾害和突发事件中对伤病人员和其他受害者提供紧急救援和人道救助；开展应急救护培训相关工作。普及应急救护、防灾避险和卫生健康知识，组织志愿者参与救护活动；参与和推动无偿献血、遗体和人体器官捐献工作，参与造血干细胞捐献的相关工作；组织开展红十字志愿服务和红十字青少年活动；推动社会福利事业发展，开展其他人道主义服务活动；加强红十字队伍建设，发展与各地红十字会之间的友好交住，开展人道主义领域方面的交流与合作等。

下设呼伦贝尔市红十字事业发展中心（挂呼伦贝尔市红十字备灾救灾中心牌子），隶属于呼伦贝尔市红十字会机关，相当于正科级的事业单位，列入公益一类。承担市红十字会职责范围内突发公共事件及自然灾害救援救助，应急救灾物资保障，备灾救灾物资的收储、转运、发放等相关工作。承担应急救护训练，生命安全教育体验，从事救灾救助工作志愿者的招募及培训等工作。负责市红十字会系统备灾救灾信息网络、市红十字会捐赠款物收支平台的运营维护等工作。承担志愿服务工作者委员会日常工作，收集与提供志愿服务工作的相关信息。完成市红十字会交办的其他相关工作。

呼伦贝尔市红十字会2009年和2019年两次获得“全国红十字系统先进集体”称号；2017年和2018年分别被评为内蒙古自治区、呼伦贝尔市民族团结进步模范集体；连续10年荣获自治区红十字会年度公信力考核“综合实绩突出”；2012年、2018年、2023年三次获得内蒙古人力资源和社会保障厅、内蒙古红十字会授予的“先进集体”荣誉称号。